2006年1月，根据国务院的决定，中关村科技园区非上市股份公司进入证券公司代办股份转让系统进行股份转让试点。

2010年4月，中国证监会成立国家高新技术产业开发区非上市公司股份转让试点暨场外市场建设筹备工作领导小组及其工作机构，姚刚副主席任领导小组组长。

2011年2月，国务院副总理王岐山主持会议, 研究证券场外市场建设有关问题。会议要求，逐步探索建立全国统一的证券场外市场。

2011年3月，国务院发布《中华人民共和国国民经济和社会发展第十二个五年规划纲要》提出：“扩大代办股份转让系统试点，加快发展场外交易市场。”

2012年3月,中国证监会全国场外市场筹备组成立；5月，筹备组工作团队组建完成。

2012年7月，国务院同意扩大非上市股份公司股份转让试点，在中关村园区基础上，新增上海张江、武汉东湖、天津滨海高新区进入试点范围；同意设立全国中小企业股份转让系统，组建运营管理机构。

2012年9月7日，扩大非上市股份公司股份转让试点合作备忘录签署暨首批企业挂牌仪式在京举行。

2012年9月20日，全国中小企业股份转让系统有限责任公司在国家工商总局完成登记注册。

2013年1月16日，举行全国中小企业股份转让系统揭牌仪式。